국세청이 2026년 종합부동산세 합산배제와 과세특례 적용이 예상되는 납세자 4만8000명에게 안내문을 보냈다. 대상자는 9월 16일부터 30일까지 홈택스나 서면으로 신고·신청할 수 있으며, 결과는 11월 정기고지에 반영된다. 기존 신청자는 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 되지만 등록 말소나 임대료 증액 등 요건 변동은 반드시 신고해야 한다.

■ 3줄 요약

- 종부세 합산배제·과세특례 신고와 신청은 9월 16일부터 30일까지 진행된다.

- 임대주택 등의 합산배제와 일시적 2주택·상속주택·공동명의주택 특례가 적용 대상이다.

- 요건을 충족하지 못하면 경감 세액과 이자 상당 가산액을 추가 납부할 수 있다.

■ 4만8000명에게 안내, 11월 고지에 반영

국세청은 합산배제와 과세특례 적용이 예상되는 납세자 4만8000명에게 안내문을 발송했다. 모바일 안내문은 9월 9일, 우편 안내문은 9월 14일부터 발송된다. 신고·신청 기간은 9월 16일부터 30일까지다. 접수한 내용은 11월 종합부동산세 정기고지에 반영된다.

기존에 합산배제나 과세특례를 신청했고 소유권·면적 등 신고 내용에 변동이 없다면 다시 신청할 필요는 없다. 다만 임대주택 등록 말소 등으로 적용 요건을 잃었다면 변동 내용을 신고해야 한다.

■ 합산배제와 1세대 1주택 특례 대상은

합산배제는 일정 요건을 충족한 임대주택과 사원용주택, 기숙사, 멸실예정주택, 주택신축용 토지 등을 종부세 과세 대상에서 제외하는 제도다.

임대주택은 과세기준일인 6월 1일 현재 실제로 임대하고 있어야 한다. 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록, 의무 임대기간, 임대료 증액률 5% 상한 등의 요건도 확인해야 한다.

일시적 2주택자와 상속주택·지방 저가주택 소유자는 신청을 통해 1세대 1주택자 계산 방식을 적용받을 수 있다. 이 경우 기본공제 12억원과 연령·보유기간에 따른 최대 80%의 세액공제를 적용받을 수 있다.

일시적 2주택자는 신규 주택 취득일부터 3년 안에 종전 주택을 양도해야 한다. 지방 저가주택은 공시가격 4억원 이하 등 지역·가격 요건을 충족해야 한다.

■ 공동명의 납세의무자 선택 범위 확대

부부가 공동으로 1주택을 소유한 경우에도 특례를 신청할 수 있다. 올해부터는 부부의 소유 지분율과 관계없이 공동 소유자 간 합의로 납세의무자를 정할 수 있다.

다만 공동명의 1주택자 특례가 모든 가구에 유리한 것은 아니다. 특례를 적용하면 납세의무자 한 명에게 12억원을 공제하고 연령·보유기간 세액공제를 적용한다. 특례를 적용하지 않으면 부부가 각각 9억원씩 공제받는다.

국세청은 홈택스와 손택스의 종부세 모의계산을 이용해 특례 적용 전후의 예상 세액을 비교하라고 안내했다.

■ 인구감소지역 주택도 주택 수 특례

2026년부터 세율 적용 시 주택 수에서 제외할 수 있는 대상에 인구감소지역과 비수도권 인구감소관심지역 주택이 추가됐다.

2026년 1월 1일 이후 취득한 주택이 대상이다. 인구감소지역 주택은 수도권 4억원, 비수도권 9억원 이하의 가액 요건을 적용한다. 비수도권 인구감소관심지역 주택은 4억원 이하여야 한다.

기존에 보유한 주택과 같은 시·군·구에 있는 주택은 특례 대상에서 제외된다. 소재지와 취득 시기 등 세부 조건을 함께 확인해야 한다.

임대주택 합산배제와 관련해서는 세무서 사업자등록의 '주택임대업 업종' 요건이 삭제됐다. 다만 사업자등록 자체와 지자체 임대등록 등 다른 요건은 계속 충족해야 한다.

■ 홈택스 자가진단과 모의계산 제공

전자 신고·신청은 홈택스 로그인 후 화면 하단의 '세무 업무 가이드맵'에서 '종합부동산세'를 선택하면 된다. 미리채움 자료와 임대주택 합산배제 자가진단, 종부세 모의계산도 이용할 수 있다.

서면 신청자는 홈택스의 세무서식 메뉴나 관할 세무서에서 신청서를 받아 작성할 수 있다. 전자 신고·신청 문의와 종부세 상담은 국세상담센터 126에서 안내한다.

■ 요건을 지키지 않으면 세액과 이자 추징

합산배제나 과세특례를 적용받은 뒤 요건을 충족하지 못한 사실이 확인되면 경감받은 세액과 이자 상당 가산액을 추가로 납부해야 한다.

임대료를 5% 넘게 올리거나 의무 임대기간 전에 주택을 양도한 사례, 멸실예정주택을 취득 후 3년 안에 멸실하지 않은 사례가 대표적이다. 일시적 2주택자가 신규 주택 취득 후 3년 안에 종전 주택을 처분하지 않은 경우도 추징 대상이 될 수 있다.

■ FAQ

Q1. 신고·신청 기한은 언제인가?

A1. 2026년 9월 16일부터 30일까지다. 신청 내용은 11월 종부세 정기고지에 반영된다.

Q2. 지난해 신청한 사람도 다시 신청해야 하나?

A2. 신고 내용에 변동이 없다면 다시 신청하지 않아도 된다. 소유권이나 면적이 바뀌거나 등록이 말소됐다면 변동 신고가 필요하다.

Q3. 부부 공동명의 특례는 항상 유리한가?

A3. 아니다. 공시가격과 납세의무자의 연령·보유기간에 따라 특례를 신청하지 않는 편이 유리할 수 있어 모의계산이 필요하다.

Q4. 일시적 2주택 특례의 주요 조건은 무엇인가?

A4. 기존 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득한 뒤, 신규 주택 취득일부터 3년 안에 종전 주택을 양도해야 한다.

Q5. 어디서 신고할 수 있나?

A5. 홈택스의 종합부동산세 신고·신청 메뉴에서 전자 신청하거나 홈택스·세무서에서 서식을 받아 서면으로 제출할 수 있다.